Анимация слоев настраивается в After Effects при помощи стандартной техники ключевых кадров. Принцип анимации заключается в задании пользователем значений тех или иных параметров на ключевых кадрах и в последующей интерполяции остальных значений параметра в промежутках между ключевыми кадрами программными средствами. В результате создается эффект непрерывной и плавной анимации слоев для всей продолжительности композиции.